自2011年秋學季起，國際歸正福音神學院與美國西敏神學院（Westminster Theological Seminary）合作，2014年起陸續與荷蘭坎彭神學大學（Theologische Universiteit Kampen）、阿珀爾多倫神學大學（Theologisch Universiteit Apeldoorn）合作，共同提供博士班國際合作研究院課程。開放給具備到學碩士或基督教研究碩士學位（或同等學力）者修讀，需TOEFL成績達550（舊制）以上的水準。課程從事進深的方法論研究及神學研究、並特別為從事神學教育工作及博士研究者預備。
